Krajowy System e-Faktur (KSeF) kojarzony jest głównie z przedsiębiorcami i spółkami. Tymczasem obowiązek korzystania z tego systemu dotyczy również fundacji — i to już od początku 2026 roku. Wiele organizacji non-profit wciąż nie zdaje sobie sprawy, że brak dostępu do KSeF może skutkować realnym problemem z odbiorem faktur kosztowych, a w konsekwencji — z rozliczeniem wydatków. W tym wpisie wyjaśniamy, co KSeF oznacza dla fundacji, jakie obowiązki z niego wynikają i jak praktycznie się do nich przygotować.
» Przeczytaj także publikację “E-pieczęć w fundacji”
Czy fundacja musi korzystać z KSeF?
Tak — i to niezależnie od tego, czy prowadzi działalność gospodarczą. Decydujące znaczenie ma status podatnika w rozumieniu art. 15 ustawy o VAT, a nie forma prawna ani cel działalności. Fundacja, która posiada NIP i wykonuje jakąkolwiek działalność podlegającą opodatkowaniu — nawet nieodpłatną, ale związaną z działalnością statutową — jest podatnikiem i podlega przepisom o KSeF.
W praktyce oznacza to, że każda fundacja posiadająca NIP powinna mieć aktywny dostęp do KSeF — choćby po to, żeby odbierać faktury od swoich dostawców.
KSeF w fundacji – obowiązek odbioru faktur od 1 lutego 2026 r.
Od 1 lutego 2026 r. duże podmioty (których sprzedaż w 2024 r. przekroczyła 200 mln zł brutto) są zobowiązane wystawiać faktury wyłącznie przez KSeF. Oznacza to, że fundacje, które otrzymują faktury od dużych dostawców — mediów, telekomów, firm leasingowych, dostawców usług IT — już teraz odbierają te faktury wyłącznie przez system.
Jeśli fundacja nie ma dostępu do KSeF, faktura może do niej technicznie nie dotrzeć. Faktura wystawiona w systemie jest uważana za doręczoną z chwilą jej wystawienia — bez względu na to, czy odbiorca ją pobrał.
Obowiązek wystawiania faktur przez KSeF w fundacji
Obowiązek wystawiania faktur przez KSeF dla większości fundacji wszedł w życie 1 kwietnia 2026 r. Dotyczy on sytuacji, gdy fundacja wystawia fakturę na rzecz podmiotu posługującego się NIP — czyli w relacjach B2B. Chodzi m.in. o:
- faktury za działalność odpłatną pożytku publicznego
- faktury wystawiane jednostkom samorządu terytorialnego
- faktury za usługi szkoleniowe, doradcze lub wydawnicze
- faktury wystawiane innym organizacjom lub spółkom
Wyjątek stanowią drobni wystawcy — fundacje, których miesięczna sprzedaż udokumentowana fakturami nie przekracza 10 000 zł, a wartość pojedynczej faktury nie przekracza 450 zł. Dla nich obowiązek wystawiania faktur przez KSeF został przesunięty do 1 stycznia 2027 r.
Co nie podlega KSeF w fundacji?
Nie wszystkie dokumenty finansowe fundacji trafiają do KSeF. Poza systemem pozostają m.in.:
- darowizny i dotacje — nie są fakturowane w rozumieniu ustawy o VAT
- faktury wystawiane osobom fizycznym nieprowadzącym działalności (B2C)
- noty księgowe i dokumenty wewnętrzne
- faktury wystawiane przez podmioty zwolnione z VAT, które skorzystały z przewidzianych wyłączeń
Oznacza to, że fundacje muszą rozdzielić obieg dokumentów — część faktur przechodzi przez KSeF, a część pozostaje w dotychczasowym obiegu. To wymaga odpowiedniego przygotowania po stronie księgowości i systemów finansowych organizacji.
Jak fundacja powinna przygotować się do KSeF – praktyczne kroki
Ministerstwo Finansów opublikowało dedykowany „Podręcznik KSeF w organizacjach pozarządowych”, który szczegółowo opisuje kroki wdrożenia. W skrócie fundacja powinna:
- Założyć konto w KSeF — konta są tworzone automatycznie dla wszystkich podmiotów posiadających NIP, ale wymagają uwierzytelnienia przed pierwszym użyciem
- Wyznaczyć osobę odpowiedzialną za obsługę systemu i regularne sprawdzanie skrzynki odbiorczej
- Złożyć zawiadomienie ZAW-FA — jeśli fundacja nie dysponuje pieczęcią kwalifikowaną, ZAW-FA pozwala wskazać osobę fizyczną uprawnioną do korzystania z KSeF w imieniu organizacji
- Zintegrować system finansowo-księgowy z KSeF lub korzystać z darmowej Aplikacji Podatnika KSeF 2.0 udostępnionej przez Ministerstwo Finansów
- Nadać uprawnienia biuru rachunkowemu lub księgowej obsługującej fundację
Zapraszamy do kontaktu z naszymi specjalistami, którzy pomogą w kwestiach księgowych związanych z prowadzeniem fundacji.